En julio de 1941, la administración militar alemana publicó una serie de decretos en contra de los judíos. Durante ese mismo mes, los Einsatzgruppen alemanes (equipos móviles de matanza), ayudados por auxiliares de Lituania, mataron a 5.000 hombres judíos en el bosque de Ponary, a 13 km (8 millas) de Vilna. Una administración civil alemana tomó el control de Vilna en agosto de 1941. Al final del mismo mes, los alemanes mataron a otros 3.500 judíos en Ponary.

A principios de septiembre de 1941 los alemanes establecieron dos ghettos (el ghetto nº 1 y el ghetto nº 2) en Vilna. Aquellos judíos a los que se les consideraba incapaces de trabajar se les concentraba en el ghetto nº 2. En octubre de 1941, los destacamentos de los Einsatzgruppe alemanes y los auxiliares lituanos destruyeron el ghetto nº 2 y mataron a su población en Ponary. La prisión de Lukiszki sirvió como centro de recogida de los judíos que se iban a llevar a Ponary y a los que se iba a fusilar. A finales de 1941, los Einsatzgruppen habían matado a cerca de 40.000 judíos en Ponary.

Se obligó a los judíos del ghetto nº 1 a trabajar en fábricas o en proyectos de construcción fuera del ghetto. Algunos judíos fueron enviados a los campos de trabajo de la región de Vilna. En operaciones de matanza periódicas, la mayoría de los habitantes del ghetto fueron masacrados en Ponary. Desde la primavera de 1942 hasta la primavera de 1943, en Vilna no se realizaron operaciones de masacre. Los alemanes reanudaron las matanzas durante la liquidación final del ghetto nº 1 a finales de septiembre de 1943. Los niños, los ancianos y los enfermos fueron enviados al campo de exterminio de Sobibor o fueron fusilados en Ponary. A los hombres que sobrevivieron los enviaron a los campos de trabajo de Estonia, mientras que las mujeres fueron enviadas a los campos de trabajo de Letonia.-